Granatäpfel verzweigen sich von selbst sehr stark.
Zurückschneiden sollte man nur schwache dünne Triebe.
Wenn du ihn als Bonsai kultivieren willst würde ich dir empfehlen den Hauptrieb zu kappen, wenn er etwa 40-50 cm hoch ist, damit du eine vernünftige Stammbasis hast.
Zurückschneiden würde ich auch nur im Spätherbst. Wenn er die Blätter im Winter abwirft kann man ihn auch noch vor dem Neuaustrieb im Frühjahr schneiden.
Gruß
Pazuzu