Moin,
man kann es nicht unbedingt Erfahrung mit Äpfeln nennen, aber ich habe berufsbedingt schon sehr viele winterharte Pflanzen aus Saat gezogen (Stauden, Sträucher und Bäume). Diese habe ich immer (!) im Freien aufgezogen. Vor allem Gehölze keimten bei mir stets am besten bei Herbst-Aussaat wenn der Topf den ganzen Winter im Freien im Boden eingesenkt stand. Die Keimung fand dann in den ersten wärmeren Frühlingstagen statt und die Sämlinge wuchsen bei halbschattigem Stand, frischer Luft, nachts kühleren Temperaturen und gleichmäßiger Feuchtigkeit langsam, aber gut abgehärtet, heran. Diese Methode erfordert zwar Geduld, ist aber wesentlich natürlicher und für die Gesundheit der Pflänzchen förderlich ("nur die Harten kommen in den Garten").
Der Heizungsraum hat zwar durch seine Wärme die Keimung gefördert, die dadurch bedingte sehr geringe relative Luftfeuchtigkeit hat die zarten Baby-Pflanzen aber möglicherweise absterben lassen. Auch hoffe ich, daß dort ein helles Fenster vorhanden ist.
Andererseits kann ich ohne Bild der Leichen incl. Topf u. Erde nicht genau sagen, ob es das war. Andere Faktoren können auch eine Rolle gespielt haben (Nässe, Trockenheit, Versalzung der Erde usw.). Wäre also schön, wenn Du noch ein paar Bildchen nachliefern könntest.