Wenn dein Leitungswasser sehr kalkhaltig ist, solltest du unbedingt mit Regen-, Brunnen- oder abgestandenen Mineralwasser gießen. Kalkhaltiges Leitungswasser mögen Kaffeepflanzen gar nicht.
Sind diese schwarzen Stellen nur an ein paar Blättern oder an allen Neuaustrieben?
Ich würde das mal beobachten, das kann durchaus auch mit den Wassergaben zusammenhängen. Du kannst sie ruhig recht sonnig stellen, zuerst daran gewöhnen, dass sie keinen Sonnenbrand bekommt, aber je mehr Sonne, desto schöner wächst sie.