Moin,
da Fungizide in totem Gewebe nichts nützen, solltest Du dir die Mühe sparen! Auf den verbräunten Nadeln siedeln sich nur noch die Pilze an, die definitiv nicht die Ursache des Übels sind. Sie sind nur Nutznießer, können aber unter Umständen gefährlich werden (siehe unten).
Die braunen Stellen erst im November zu schneiden ist eigentlich nicht so günstig. Je länger die braunen, wahrscheinlich toten, Nadeln bei kühl-feuchtem (typisch für Herbst

) Wetter auf der Pflanze bleiben, um so größer wird die Gefahr, daß sich Sekundärbesiedler darauf niederlassen und eventuell sogar auf das lebende Gewebe übergehen. Also, die braunen Stellen sollten so schnell wie möglich weg. Ein Schnitt zu kurz vor der Frostphase im November kann zusätzlich Schäden an der offenen Wunde verursachen und dann gibts auch Pilzbefall, und weder die Sekundär- noch holzzerstörenden Pilze lassen sich mit einem Fungizid bekämpfen.
Ein Pilzbefall, der durch Staunässe im Lehmboden verursacht wird, tötet die Pflanzen eher ab als das nur die Spitzen, vor allem so gleichmäßig, verbräunen. Das wären nämlich Welkepilze und die sind fatal. "Dein" Schadbild wird eher bei Trockenheit oder Salzschäden verursacht...... oder eben chemische Einflüsse von aussen.
Meine Empfehlung:
jetzt die braunen Stellen sauber ausschneiden und im Frühjahr wieder 100 g/qm eines organischen Koniferendünger (incl. Magnesium) UNTER den Rindenmulch streuen. Oben auf den Rindenmulch kommen nochmals ca. 50 g/qm Hornspäne. Dann haben die Thujen ihren Dünger und die holzzersetzenden Mikroorganismen des Mulches haben ihren Anteil Stickstoff durch die Hornspäne. Wenn man das nicht macht, verhungern die Pflanzen so nach und nach. Du merkst schon, Rindenmulch ist eigentlich ziemlich unpraktisch. Rasenschnitt und Laub sind deutlich besser für Pflanze und Boden, auch wenn nicht so "schön".
Dann wird von Mai bis September stets gleichmäßig feucht gehalten und der Schaden sollte bald überwachsen sein.