Hallo,
die langen "dürftigen" Wurzeln sind Pfahlwurzeln mit denen sich die Kiefern tief in der Erde verwurzeln. Das bedeutet, dass die Töpfe am besten von vornherein tiefer gewählt werden sollten. Die Keimlinge investieren am Anfang viel Zeit in die Wurzeln, sodass sich oberirdisch erst einmal nichts tut.
Du hast in den Bechern auch keine Löcher, was Staunässe begünstigt und der Tod für viele Sämlinge ist.
Ich sähe auch gerne in diesen Becher, jedoch sind sie einfach nicht für Kiefern (Tiefwurzler) geeignet.
Als ich sie das erste mal ausgesät habe, habe ich den selben Fehler gemacht, zu kleine Töpfe, zu nasse Haltung.
Da sind mir alle eingegangen...
Da habe ich gelernt, dass Kiefernsämlinge sehr empfindlich reagieren und schnell absterben, meisten bei zu nasser Haltung.
Auch reagieren sie empfindlich aufs Umtopfen und sollten entsprechend gleich in tiefere Töpfe gesät werden.
Ich würde dir dennoch raten sie vorsichtig in tiefere Töpfe mit Abflusslöchern umzusetzen, da sie dir über kurz oder lang in den Bechern eingehen werden. Gieße sie weniger, sie vertragen kurzfristige Trockenheit besser als Nässe.
Wie man die Samen Pilzfrei macht weiß ich nicht, da habe ich keine Erfahrungen damit. Da kann dir bestimmt jemand anderes helfen.