Wenn an den Stellen bis jetzt nichts steht, kann es natürlich sein, das Du beim Einpflanzen die Wurzeln der Bäumchen verletzt. Aber wenn insgesamt genug Platz ist, und Du keine Krankheiten bei Dir hast, die Du mit der Schaufel von einem Bäumchen zum nächsten weiterschleppst, dürfte das kein Problem sein.
Mach das mit dem Einpflanzen vielleicht, wenn eine Periode von mehreren bewölkten oder regnerischen Tagen angekündigt ist, dann verdunsten weder die Bäumchen noch die frisch eingepflanzten (und gestreßten) Blumen so viel Wasser.
Ansonsten muß man halt eine Zeit lang etwas großzügiger gießen, um die Wasserversorgung sicher zu stellen.
Gerade bei Einjährigen sollte das mit dem Entfernen kein Problem sein; wären es Pflanzen, bei denen man den Ehrgeiz entwickelt, sie ausgraben und im Keller über den Winter bringen zu wollen, dann würde bei dem Versuch, dei Wurzelballen der Blumen zu schonen, die Wurzeln der Bäumchen wieder eher verletzt. Aber wenn die Blumen einfach nur entfernt werden, ist das kein Problem. Ich persönlich würde die Blumen im Herbst nur kurz über der Erde abschneiden, und die Wurzeln bis zum Frühjahr in der Erde lassen. Die sperren dann u. U. die Wurzeln der Koniferen etwas aus dem Bereich aus, und wenn Du im nächsten Jahr neue Einjährige einsetzt, werden vielleicht nicht so viele Wurzeln verletzt.
Das mit dem "Aussperren" funktioniert wahrscheinlich besser, wenn Dum die Einjährigen mit Topf einpflanzt....