Hallo Nicole,
das ist eine reine Pflatzfrage. Tomaten und Paprika haben nicht wirklich was gegeneinander, es wird weder zu Schlägereien noch zu Wortgefechten kommen. Solange das Wasser- und Nährstoffangebot ausreicht werden beide gedeihen.
Ich sehe darin aber auch das Problem: Balkonkästen sind ja eher niedrig und schmal, d. h. mit zwei Eimern wirst du bei gleichem Stellplatzbedarf den Pflanzen doch mehr Erde bieten können.
Grüße Stefan