Kübelpflanzen sollten vor dem Einräumen in das Überwinterungsquartier gründlich auf eventuell vorhandenen Schädlings- oder Krankheitsbefall untersucht werden.

Zu den besonders häufigen Schädlingen gehören vor allem Blattläuse, Schildläuse, Woll- oder Schmierläuse, [pv]Spinnmilben[/pv] und Weiße Fliegen. Während Blattläuse, Spinnmilben und gelegentlich auch Thripse an so ziemlich allen Pflanzenarten vorkommen, befallen Weiße Fliegen insbesondere Fuchsien, Engelstrompete, Schönmalve und Wandelröschen. Schildläuse sowie Woll- oder Schmierläuse hingegen kommen eher an hartlaubigen Kübelpflanzen, wie Oleander, Lorbeer, Palmen und Zitruspflanzen vor.

Bei leichtem Befall reicht es meist schon aus, kranke Triebe zurückzuschneiden. Bei starkem Befall kann zusätzlich eine Spritzbehandlung mit einem Pflanzenschutzmittel durchgeführt werden. Zudem lassen sich Insektizidstäbchen oder -granulate verwenden, die sich vor allem durch ihre lange Wirkungsdauer auszeichnen.

Beim Einsatz von systemisch wirkenden Pflanzenschutzmitteln sollte besonders darauf geachtet werden, dass die Temperatur zumindest übergangsweise bei mindestens 12 bis 15 Grad Celsius liegt, da die Mittel sonst nicht ausreichend wirken. Bei Kübelpflanzen, die auch zum Verzehr genutzt werden, wie zum Beispiel Zitruspflanzen, sollte jedoch besser auf die Anwendung von Pflanzenschutzmitteln verzichtet werden.