Das Bedecken kann die Ursache sein, ja. Ficus sind Lichtkeimer, soviel ich weiß, da sind 1-2cm zu viel - da kommt ja eben kein Licht durch. "Wegschwimmen" können sie nicht, wenn du sprühst, anstatt mit einer Gießkanne o.ä. zu gießen. Das ist vielleicht eh zu viel Feuchtigkeit.

Es kann natürlich auch andere Ursachen haben - da spielen ja viele Faktoren zusammen.

Wenn sie grösser oder kleiner als das Kokohum waren, könntest du mit einem entsprechenden Sieb schon mal vorsortieren. Entweder bleiben sie mit im Sieb oder sie fallen mit durch, die Lochgrösse ist möglichst so geschickt zu wählen, dass alle mit in einer "Fraktion" bleiben aber das andere möglichst gut ausgesiebt wird.

Dann musst du vielleicht nicht ganz so lange mit Lupe und Pinzette suchen.... Aber zu deiner Beruhigung: Das macht man auch im Saatgutprüflabor, je nachdem welches Substrat zur Prüfung vorgeschrieben ist. Da sitzt man dann und sucht seine 4x100 Samen, wenn nichts keimt.... Zum Schluss sollte man alles wieder gefunden haben, um sie auch beurteilen zu können (bei den ungekeimten kann man in tote Samen (matschig) und dormante ("schlafende", also nicht keimende, aber lebendige Samen) unterscheiden)...